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Científicos publican más completo ‘arbol de la vida’ hecho hasta ahora

21/09/2015

ANN ARBOR- Un primer borrador del “árbol de la vida” de las aproximadamente 2,3 millones de especies nombradas de animales, plantas, hongos y microbios ha sido publicado.

El primer borrador del árbol de la vida incluye 2,3 millones de especies.

Un esfuerzo de colaboración entre 11 instituciones incluyendo Universidad de Michigan, el árbol representa las relaciones entre los seres vivos a medida que cambiaron desde el comienzo de la vida en la Tierra hace más de 3,5 millones de años.

Decenas de miles de árboles más pequeños se han publicado en los últimos años para selectas ramas del árbol, algunas con más de 100.000 especies, pero esta es la primera vez que esos resultados se han combinado en un solo árbol que abarca toda la vida. El resultado final es un recurso digital que está disponible gratis en línea para que cualquier persona utilice o modifique, muy similar a una “Wikipedia” para los árboles evolutivos.

La comprensión de cómo las millones de especies en la Tierra están relacionadas entre sí ayuda a los científicos a descubrir nuevos fármacos, aumentar la productividad de las granjas, y traza los orígenes y la propagación de enfermedades infecciosas como el VIH, el Ébola y la gripe.

“Este es el primer intento real de conectar los puntos y poner todo junto”, dijo el investigador principal Karen Cranston, de la Universidad de Duke. “Imagínatelo como la versión 1.0.” Un documento que resume los hallazgos fue publicado en línea en las Actas de la Academia Nacional de Ciencias el 18 de septiembre.

El biólogo evolutivo Universidad de Michigan Stephen Smith encabeza el grupo que abordó los detalles esenciales de juntar todas las ramas, tallos y troncos de árbol de la vida en un solo diagrama. Cody Hinchliff, anteriormente investigador postdoctoral en el laboratorio de Smith, que ahora está en la Universidad de Idaho, hizo gran parte del trabajo pesado en el proyecto y comparte créditos de primer autor con Smith en el papel de PNAS.

En lugar de construir el árbol de la vida a partir de cero, los investigadores lo reconstruyeron mediante la compilación de miles de fragmentos más pequeños que ya habían sido publicados en línea y su fusión en un gigantesco “supertree” que abarca todas las especies citadas.

“Muchos de los participantes en el proyecto aportaron cientos de buscando y limpiando miles de árboles de la literatura, y después seleccionando 484 de ellos que se utilizaron para generar el proyecto de árbol de la vida”, dijo Hinchliff.

“Además del proceso de combinar árboles existentes, gran parte de lo que se hizo en la Universidad de Michigan fue el desarrollo de herramientas y técnicas y el análisis del árbol en sí”, dijo Smith. “Para completar este proyecto, hemos tenido que codificar nuestras propias soluciones. No había ya hecho que podíamos usar.”

El objetivo era crear herramientas de software y algoritmos que equilibraran rendimiento y  eficiencia al combinar una gran cantidad de árboles, dijo Hinchliff .

“Nuestro software, que se llama ‘treemachine,’ tomó unos días para generar el proyecto de árbol actual de la vida en una estación de trabajo de escritorio moderadamente equipado en la oficina de Stephen”, dijo, añadiendo que otros programas hubieran demorado semanas ara hacer el mismo trabajo.

La investigación fue financiada por una beca de  de tres años de $ 5.760.000 beca de la Fundación Nacional de Ciencia de Estados Unidos (NSF 1.208.809), incluyendo $ 900,000 para la Universidad de Michigan.

La versión del árbol, junto con los datos subyacentes y de la fuente de código está disponible para navegar y descargar

https: https://tree.opentreeoflife.org.

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